ничего современнее этой программы вы не знаете?
Лучше этой программы вряд ли найдётся, т.к. автор её создавал специально для такой работы. Вариант: скан + у каждого скана "выровнять и обрезать карты" (есть там похожий пункт) в Photoshop (но это вряд ли то, что Вы ищете).
Надо чтобы все было автоматизировано, так как игр сканировать буду очень много.
Сканы автоматизировать - это первое дело. Уже насканировать можно много гигабайт и потратить весь запал
, это задача отдельная. Вторая задача - обработать сканы (шум, муар и т.п.). Третья - обрезать и выровнять элементы на сканах. Как всё это собрать в одну цепочку с максимум автоматизации минимумом усилий, и чтобы результат был хорошим, - это интересный вопрос. Найдёте решение - обязательно напишите!