да, при сканировании сканер сам указывает область сканирования (по содержимому), при этом ее нельзя изменить ручками.
Пока не нашел как это побороть.
Если нужно, могу еще поиграть с настройками сканера.
И в пикселях размер карточек тоже везде разный получился, хотя сканилось все с разрешением 600dpi.