Раз вы сами перераскладываете, то явно редакторами пользоваться умеете. Почему бы просто не нарезать? Делов-то: открыть PDF как слои, кропнуть белые поля, разбить направляющими, гильотиной по слоям и сохранить слои в папку отдельными файлами. Не знаю как в фотошопе, я им не пользуюсь, а в гимпе для всех операций 1 команда нужна.